La Zona Libre de Colón nace en junio de 1948, con el Decreto Ley No. 18 de 17 de junio de 1948 como una institución autónoma del Estado panameño, como un área para explotar las ventajas competitivas del país al encontrarse en la entrada del Canal de Panamá por el Océano Atlántico.

Esta iniciativa de construir la Zona Libre de Colón se dio en 1945, por el entonces presidente de la República, Enrique Jiménez, aprovechando la posición geográfica de los puertos y la vía fluvial interoceánica de Panamá, paso crucial de la navegación mundial.  La Zona Libre de Colón fue concebida como un centro estratégico que conectara las industrias de Estados Unidos y Europa con los clientes de América Latina, concentrando en un mismo punto geográfico principalmente bodegas, pero también industrias de los proveedores, lo que a su vez traería beneficios colaterales a Panamá en el área de la construcción, precios de la tierra, transferencia de conocimientos gerenciales, estimulación del turismo de negocios, industrialización de Panamá, aumento de los ingresos del Canal de Panamá y aumento del tráfico aéreo.

En la década de 1990 la Zona Libre de Colón se convierte en sede para América Latina de empresas de Japón y de países recientemente industrializados de Asia y en centro de reexportaciones hacia los Estados Unidos.